Piotr Skarga wiedział, jakie zagrożenie niosą ze sobą liczne wówczas w królestwie polskim herezje. Znał miernotę i nijakość wielu katolików, dlatego krytykował tych flegmatyków „co to jako barszczykowie rzeczy dobrych, świętych, Boskich, sprawiedliwych, popierać y gorąco ich odprawować nie mogą. Ani ciepli ani zimni, ale rozmokli, jako zmokła kokosz, tak się ruszają, nic nie sprawują, y wyrzucenia godni są wedle Pisma"- pisał w „Kazaniach na niedziele i święta".
Oburzała go ta „oziębłość, nikczemność y ziewanie flegmatyckie katolików niektórych: którzy nie patrzą na koniec, do którego wszystkie herezje zmierzają". Katolickie na wskroś było jego rozumienie tolerancji. „Wszystkie zaraz heretyctwa wypleść: to niepodobieństwo, zwłaszcza gdzie się zasypało y omieszkało, a gdzie się ich tak namnożyło, iż bez szkody pszenice plewidło być nie może" - pisał Jezuita. Dlatego też jego katolicka tolerancja była znoszeniem, a raczej ścierpieniem herezji. Widział Skarga w szerzących się kacerstwach zgubę dla dusz i rozłam religijny prowadzący do zniszczenia fundamentów katolickiego porządku społecznego.
Skarga nawoływał także duchownych do duchowej wojny z trucizną heretycką. Nie nawoływał jednak do wojny otwartej „bo katholicy iako wołowie, y duże konie, nie czują się w mocy swey, ażeby ie wielki przymus ściskał". W konfederacji warszawskiej upatrywał ogromnego niebezpieczeństwa, uznawał jednak, że wojna domowa byłaby większym złem, gdyż nie byłoby w niej wygranych i doprowadziłaby do upadku królestwa. W tym też duchu znosił herezję, ale nie zgadzał się na jej uprzywilejowanie i zawsze wskazywał na tragiczne, dla duszy i całego państwa, skutki jej szerzenia. Jednak dla protestanckich dysydentów, takich jak np. Diabeł Stadnicki walka o tolerancję oznaczała zamykanie katolickich kościołów, ich profanacje i napaści na księży głoszących kazania. Konfederacja warszawska, o którą tak walczyli dysydenci, oznaczała w rzeczywistości konieczność brania w obronę, przez katolickiego monarchę, każdego bluźniercy.
W piątym z „Kazań Sejmowych" uczy „Jako katolicka wiara policyj i królestw szczęśliwie dochowywa, a heretyctwo je obala" Herezja nie sprzyja również, zdaniem O. Piotra, sprawiedliwości będącej fundamentem królestwa. W dalszym ciągu Kazania Piątego królewski kaznodzieja poucza, że herezja niszczy i podkopuje autorytet władzy, a w ten sposób uderza w fundamenty państwa. "I teraz są takie między lutry i ewangelki błędy, które nauczają, iż urzędnik, król albo starosta, w grzechu śmiertelnym będąc, urząd traci, i nikt go nie winien słuchać" - pisze Skarga. Wspomina też arian, którzy głosili, że poza Chrystusem nie mają żadnego króla. „Wiara katolicka pilnie i często naucza, aby każdy Boga się bał, a króla czcił, jako Piotr ś. nauczał, aby każdy urzędom, królowi i sprawcom jego podlegał, aby się ich miecza bał, aby o nieposłuszeństwo ku nim sumnienie miał" - odpowiada kaznodzieja.
Kazania, które głosił, zawsze miały odzwierciedlenie w jego świątobliwym życiu. „Kaznodzieja, gdy sam źle żyje, mało kazaniem zbuduje" - mawiał o posłudze na ambonie. Przed wygłoszeniem każdego kazania prosił w modlitwie o Bożą pomoc i odprawiał pokutne biczowanie. Był także gorliwym czcicielem Matki Bożej. Jej czystość i Niepokalane Poczęcie uznawał za dogmat na długo przed jego ogłoszeniem.
O. Piotr często przyjeżdżał do podkrakowskiej Mogiły, aby tam, przed cudownym wizerunkiem Ukrzyżowanego, odprawiać Msze Święte. Podczas jednej z liturgii, której uczestnikami byli wierni, Chrystus Pan przemówił z krzyża do O. Piotra Skargi. Jednakże nikt, oprócz kapłana, nie mógł zrozumieć słów Ukrzyżowanego. Cztery lata przed swoją śmiercią, w trakcie odprawiania Mszy św. miał widzenie niezwykłego światła jaśniejącego wokół Najświętszego Sakramentu. Jak opowiadał, usłyszał wtedy głos: „Daję ci zadatek miłości mojej ku tobie. Przyjmuję cię w jedność ciała mego, abyś był częścią moją nierozdzielną. Czynie cię uczestnikiem dziedzictwa mojego".
Podczas pracy na wschodzie kraju, widział spustoszenie duchowe wywołane rosnącymi wpływami pierwszej rewolucji - reformacji. „Nie mogę się od łez powstrzymać, kiedy rozważam, jak Bóg z dnia na dzień utwierdza nas w przekonaniu, że powołał nas na Litwę, w celu podniesienia katolickiej wiary" - napisał w liście do generała.
Nie zabrakło w życiu Skargi dzieł miłosierdzia, do których należą: Arcybractwo Miłosierdzia (celem było urabianie postawy miłosierdzia chrześcijańskiego wśród braci, modlitwa i czyn - cotygodniowa obowiązkowa jałmużna, o prócz tego dobrowolna, do Arcybractwa zapisał się również Zygmunt III Waza wraz z całym swoim dworem) i Skrzynka św. Mikołaja ufundowana przez Mikołaja Zebrzydowskiego, do niej wpłacało się pieniądze na posagi dla biednych a uczciwych dziewcząt.
Nienawiść, jaką wzbudzał swoją postawą wśród heretyków, najlepiej obrazuje napad, jakiego dokonał na nim jeden ze sług księcia Radziwiłła. Jak podają opracowania, sługa protestanta Radziwiłła „najechał go koniem i przyparł do muru, groził mu nagim mieczem i zasypał gradem przezwisk, a wreszcie wypoliczkował". Po tym wydarzeniu O. Skarga wrócił do klasztoru i powiedział współbraciom, że cieszy się z tej doznanej zniewagi. „Bo ten policzek wymierzono mi dlatego, iżem jezuitą i katolicką wyznawam wiarę" - wyjaśniał powód swojej radości. Gdy sam winowajca przyszedł prosić o przebaczenie, O. Skarga nie tylko przebaczył, ale powiedział, że mógłby mu za ten policzek podziękować, gdyby nie obraza Boga i publiczne zgorszenie jakich ów się dopuścił.
Kiedy zarzucano mu mieszanie się do polityki odpowiadał: „Rzecze kto, ksiądz się wdawa w politykę. Wdawa się i wdawać się winien, nie w rządy jej ale, aby jej grzechy nie gubiły i wykorzenione z niej były, a dusze ludzkie w niej nie ginęły". Państwo porównywał do ludzkiego ciała, w którym wszystkie jego członki stanowią jeden organizm. Zwieńczeniem ciała i tym co góruje nad całością jest głowa, do której porównuje monarchę. „W ciele ludzkim są dwa przedniejsze członki, którymi się ciało ożywia i umacnia: serce i głowa[...] Religia i stan duchowny w ciele Rzeczpospolitej jest jako serce zakryte i wnętrzne, z którego żywot wieczny pochodzi; a stan królewski jest jako głowa, w której są do rządu członków wszystkich oczy, uszy i inne smysły powierzchne[...] Gdy wiara katolicka i duchowny stan naruszony jest, jako ranne serce, prędką śmierć Rzeczypospolitej przywodzi. Gdy też stan królewski słabieje i boleje, jako głowa chora, władza członów wszystkich gnije i boleje i królestwo upada" - pisze Skarga w szóstym kazaniu. Chwalił monarchię katolicką i panującą w niej hierarchię jako model nawiązujący do Królestwa Niebieskiego i hierarchicznego Kościoła. „Na Kościół nowego testamentu i na zakonodawcę jego patrzmy. Jeślić Chrystus w Kościele swoim monrhiją postawił, pewnie ta jest nalepsza. Bo tak mądry Bóg nasz, w domu swoim, który tak umiłował, nalazłby inny rządzenia obyczaj" - argumentuje kaznodzieja króla.
Tzw. reformacja jako przejaw egalitaryzmu była w tym wypadku jedną z chorób, które toczą organizm państwa, zaszczepiając w nim pogląd o powszechnej równości i odrzuceniu zasady hierarchii.