Początki kultu maryjnego w Świętej Lipce na Mazurach sięgają XIV wieku. Zgodnie z tradycją, Matka Boża objawiła się wtedy pewnemu skazanemu na śmierć więźniowi z Kętrzyna i nakazała wyrzeźbienie figury przedstawiającej Maryję z Dzieciątkiem na ręku. Rzeźba powstała w ciągu jednej nocy, skazaniec ocalił w ten sposób życie, a na życzenie Matki Bożej, w drodze do rodzinnego Reszla, umieścił figurkę na pięknej lipie (stąd nazwa miejscowości).

Kilkakrotnie uroczyste procesje przenosiły rzeźbę do kościoła w Kętrzynie, jednak zawsze wracała ona na stare miejsce. Wobec tego wokół lipy z figurką zbudowano kaplicę, a przybywający tu pielgrzymi doznawali (i wciąż doświadczają!) wielu cudów i uzdrowień. W czasach reformacji miejscowi protestanci zburzyli kaplicę, ścięli drzewo, a słynącą cudami figurkę wrzucili do jeziora.

Na początku XVII wieku Święta Lipka znalazła się w rękach jezuitów, którzy najpierw wznieśli kaplicę z kopią obrazu Matki Bożej Śnieżnej, a w 1693 roku dokonali konsekracji nowego kościoła. Maryja, której wizerunek umieszczony jest w głównym ołtarzu świętolipskiego sanktuarium, jest czczona jako Matka Jedności Chrześcijan. Obraz został namalowany w XVII wieku przez mieszkającego w Elblągu Belga, Bartłomieja Pensa. Srebrną suknię nałożoną na obraz wykonał złotnik z Królewca, Samuel Graewe. Bogate wyposażenie świątyni nazywanej perłą baroku stanowią: kunsztowne tabernakulum, słynne organy z ok. 4 000 piszczałek, liczne freski, rzeźby, obrazy, dzieła kowalstwa artystycznego, rzeźby i wyroby złotnicze.

11 sierpnia 1968 roku prymas Stefan kard. Wyszyński przyozdobił wizerunek Matki Bożej koronami papieskimi. 24 lutego 1983 roku papież Jan Paweł II nadał kościołowi w Świętej Lipce tytuł bazyliki mniejszej. Uroczyste ogłoszenie tego dekretu odbyło się 29 maja tego samego roku w święto Nawiedzenia NMP. W ostatnią niedzielę maja oraz 15 sierpnia obchodzone są w bazylice świętolipskiej główne uroczystości odpustowe.